Bereits sieben Jahre nach der Gründung des Deutschen Alpenvereins (1869) fanden sich in der damaligen Rheinprovinz Menschen zusammen, die auch die Schönheit der Ostalpen – die Westalpen wurden bereits besucht – erfahren, erforschen und bewundern wollten. Sie gründeten 1876 die Sektion Rheinland in Köln. In dieser Sektion waren auch Bonner Bürgerinnen und Bürger organisiert, die im Winter 1884 den Wunsch hegten, eine eigene Sektion des Deutschen und Österreichischen Alpenvereins zu gründen. Am 17. Februar 1884 fand die Gründungsversammlung statt. Professor Dr. Lasaulx wurde zum Vorsitzenden gewählt.
Neben Wanderungen im Umkreis von Bonn wurde der wissenschaftlichen und touristischen Erforschung der Alpen viel Raum gegeben. Bereits 1888 kam in der Sektion der Wunsch nach einer eigenen Hütte in den Alpen auf. Im Februar 1897 beschloss die Mitgliederversammlung – die Sektion hatte 1896 34 Mitglieder – am Toblacher Pfannhorn im Pustertal in 2.360 m Seehöhe eine Hütte zu bauen, die bereits am 18. August 1897 eingeweiht werden konnte.
Im Zusammenhang mit der Annexion Südtirols durch Italien wurde diese Hütte 1919 beschlagnahmt und von Italien hoheitlich genutzt. In den 70er Jahren des 20. Jahrhunderts wurde sie aufgelassen und dem Verfall preisgegeben. Im Sommer 2007 konnte sie jedoch wieder aufgebaut und unter dem alten Namen "Bonner Hütte" eröffnet werden. Sie wurde von der Gemeinde Toblach langfristig verpachtet.
Mit der enteignungsgleichen Beschlagnahmung der Hütte am Toblacher Pfannhorn hatte die Sektion Bonn praktisch ihr gesamtes Vermögen verloren. Trotz der schwierigen wirtschaftlichen Situation in Deutschland kam in der Sektion bald nach Kriegsende der Wunsch nach Ersatz für die in Südtirol verlorene Hütte auf. Dazu reichten allerdings die vorhandenen Mittel nicht aus. Der 1924 zum ersten Vorsitzenden gewählte Studienrat Otto Köhler, ebenfalls von dem Wunsch nach einer eigenen Hütte beseelt, hielt sich 1930 zum Urlaub in Matrei in Osttirol auf. Die dortige Sektion war auf der Suche nach einem Partner zum Bau einer unterhalb des Eichham (3.371 m) gelegenen Hütte, die sie wegen der schwierigen wirtschaftlichen Verhältnisse ebenfalls allein nicht finanzieren konnte. Die beiden Sektionen wurden schnell einig und schlossen 1931 einen Hüttenpartnerschaftsvertrag, der bis heute wirksam ist. Die am Venediger Höhenweg gelegene Bonn-Matreier Hütte (2.750 m - siehe Bild oben) wurde am 14. August 1932 ihrer Bestimmung übergeben. In den Jahren 1980 bis 1983 wurde sie saniert und erheblich erweitert.
Bei der Hüttengemeinschaft handelte es sich um die erste, in der sich zwei Sektionen zusammenschlossen, die verschiedenen Nationalstaaten angehören. Es ist bis jetzt die einzige geblieben. Heute ist die von einem Kranz Dreitausender umgebene Hütte ein beliebter Rastplatz für Wanderer aus dem Tal oder auf dem Venediger Höhenweg.
1964 erwarb die Sektion Bonn, u. a. mit Mitteln, die ein Mitglied letztwillig zum Hüttenbau gestiftet hatte, die auf 1.712 m Höhe in einem Ski- und Wandergebiet oberhalb von Rennweg (Kärnten) gelegene Zechnerhütte, die in den Folgejahren saniert und ausgebaut wurde. Am 10. August 1969 wurde sie als Neue Bonner-Hütte eingeweiht und ihrer Bestimmung übergeben. Auch diese alpine Unterkunft wurde in den letzten Jahren modernisiert und den Erfordernissen des Umweltschutzes angepasst. Sie ist im Sommer für Familien mit Kindern und im Winter für Skilang- und -Tourenläufer ein idealer Stützpunkt.
Seit ihrer Gründung widmet sich die Sektion Bonn besonders dem Schutz der alpinen Landschaft.
Der Sektion Bonn gehören derzeit mehr als 3.500 Mitglieder an. Sie treffen sich in Gruppen, bei Wanderungen, Hoch- und Klettertouren sowie zum Hallenklettern. Besonders hervorzuheben ist die vielseitige Tätigkeit der Familien- und Kindergruppen.